É o Departamento voltado para a coordenação do diagnóstico e tratamento de doenças médicas em escala empresarial, de forma a garantir uma qualidade de intervenções e serviços homogêneos em todo o território. Garante o diagnóstico e tratamento de doenças internas (infecciosas, nefrológicas, gastroentéricas, onco-hematológicas), assumindo o paciente e gerenciando-as de acordo com as vias compartilhadas.
A agregação da UU.OO.CC. da área médica em caráter departamental visa alcançar métodos de organização do trabalho e processos decisórios fortemente condicionados pela interdependência mútua, até uma flexibilização de uso de recursos humanos e tecnológicos, em observância tanto aos padrões previstos pela regulamentação vigente quanto às regras de eficiência gerencial. O compartilhamento dos processos de cuidado entre diversas unidades operacionais que possuem afinidade ou complementaridade de funcionamento leva à recuperação da centralidade do paciente e à reinterpretação holística de seus problemas de saúde com a consequente configuração de intervenções diagnóstico-terapêuticas a partir de transações entre as unidades e os profissionais individuais. A recuperação dos espaços de coordenação e integração, preservando as linhas de especialização, está em consonância com o princípio de que a proteção à saúde é cada vez mais resultado de processos interdisciplinares e multifuncionais. A agregação de funções assistenciais homogêneas em termos de ferramentas de intervenção clínica pode ser alcançada por meio da definição de planos de atividades, da produção, aplicação e verificação de diretrizes e protocolos compartilhados, da organização de atividades de treinamento comuns, da avaliação e verificação da qualidade da assistência por meio de programas de auditoria clínica, da identificação e promoção de novas atividades e novos modelos operacionais. Dada a discreta prevalência e incidência de algumas doenças médicas de importância social, o Departamento de Ciências Médicas também deve ter a tarefa de integrar cada vez mais a oferta de serviços hospitalares com os territoriais em uma lógica de gestão global de acordo com o princípio da continuidade do cuidado, ou seja, do cuidado modulado de acordo com diferentes níveis de complexidade, no que diz respeito ao problema de saúde do paciente.